Ses origines (ibériques ?) sont à peu près aussi occultes que ses qualités, et il faut attendre 1717 - alors que "l'industrie mulassière" est probablement active depuis déjà plusieurs siècles dans cette région - pour qu'en soit publiée la première description.
Sa fonction de géniteur pour la productions de mules y est d'ailleurs clairement évoquée, fonction quasi exclusive pour cet âne réputé pour "sa lascivité" et "ses qualités prolifiques qu'il conserve jusque dans l'âge le plus avancé...".
En 1884, lors de la création du stud-book, tout le Poitou produit des mulets, mais le Baudet est surtout élevé dans le département des Deux-Sèvres où sont implantés 94 des 160 ateliers (haras privés) recensés en Poitou.
Une première fois amoindri au sortir de la Première Guerre Mondiale, le cheptel sera peu à peu reconstitué avant de s'effondrer à nouveau à la fin des années 50, anéanti par le développement de la traction mécanique.
Un programme de sauvegarde, mis en place à la fin des années 70, a cependant permis de consolider, puis de reconstituer le cheptel de cette race symbolique connue dans le monde entier.

Effectif 2001 : 61 mâles et 263 femelles inscrites au livre A.